1)

2)

.

El esqueleto proteico de la gramicidina adopta una estructura secundaria denominada hélice beta 6-3, cuyo interior permite el paso de moléculas de agua de un lado a otro de la bicapa: 1)  2)  3)  4)  5)  . Por ello, el dímero de gramicidina constituye un canal a través de la membrana, que permite el paso de iones H⁺, K⁺ o Na⁺ (efecto ionóforo). Los grupos hidrofílicos de la gramidicina forman el canal, mientras que los grupos hidrofóbicos (las cadenas laterales) se sitúan exteriormente, lo que les permite interaccionar con las colas de los ácidos grasos de la membrana (también hidrofóbicas).
Hacemos un corte o sección vertical a través del canal, mostrando el agua interna: 1)  2)  3)  4)  5)  6)  7)  8)  9)  .
Volvemos a seccionar a través del canal, mostrando el agua interna: 1)  2)  3)  .